اولین نماز جمعه‌ی تهران در تاریخ پنجم مردادماه سال ۱۳۵۸ به امامت آیت‌الله طالقانی اقامه شد. اما در فاصله‌ای کوتاه و در نوزده شهریورماه همان سال ایشان دار فانی را وداع گفت. دومین امام جمعه‌ی تهران نیز آیت‌الله منتظری بود که در فاصله‌ی کوتاهی بعد از انتصاب، به قم رفت و از امامت جمعه‌ی تهران استعفا نمود. 24 دی‌ماه 1358 حضرت امام خمینی طی حکمی آیت‌الله خامنه‌ای را به امامت جمعه‌ی تهران منصوب کردند. انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای که به تازگی چهل‌سالگی را پشت سر گذاشته بود، برای عده‌ای سنگین آمد و برخی نیز جوسازی‌هایی کردند. امّا عنایت حضرت امام به آیت‌الله خامنه‌ای حکایت از شناخت خصوصیات و ویژگی‌هایی داشت که در شخصیت سیاسی، فرهنگی و علمی ایشان نهفته بود. این بود که مخالفت‌ها به‌زودی با آشکار شدن علم دینی، قدرت تحلیل و قوّت خطابه‌ی ایشان فروکش کرد، برای عموم مردم درایت امام(قدّس‌سرّه) در حسن انتخاب و انتصاب آیت‌الله خامنه‌ای برای امامت نماز جمعه‌ی تهران روشن شد و نمازهای جمعه در دانشگاه تهران شکوه و عظمت دیگری یافت.